Судьба православных приходов в Чечне и Ингушетии в 90-е годы — одна из самых страшных, пока еще до конца не описанных и не осознанных обществом страниц в современной истории Русской Православной Церкви. В 1991-ом году в Чечне и Ингушетии было 11 православных приходов. В 1999-ом — ни одного.
До сих пор в станице Асиновская стоят стены оскверненной и сожженной православной церкви. Летом 1992-го в ней был совершен погром, около 30 налетчиков разбивали утварь, расстреливали из автоматов иконы, а над православным священником надругались прямо у алтаря. В 1997 -ом новый настоятель Ассиновской церкви был убит, имя и обстоятельства гибели его автору статьи пока неизвестны. Мученическую смерть приняли настоятели грозненского храма отец Анатолий Чистоусов и настоятель храма в станице Орженикидзевской отец Петр Сухоносов. Оба они были похищены и погибли в чеченских застенках. Священник Филипп Жигулин был заключен в чеченский концлагерь, подвегался итязаниям и мучениям, выжил воистину чудом.
Помимо Чечни и Ингушетии убийство священника произошло в Кабардино-Балкарии: в городе Тырныаузе в 2001-ом году был зарезан у церковного алтаря священник Игорь Розин. Это убийство, объявленное официальными властями действием психопата-одиночки, для всех православных КБР оно было несомненным следствием ведущейся против православия войны. Помимо убийств на Кавказе было множество случаев истязаний, издевательств и притеснений по религиозному признаку.
В казачьей станице Червленой в 1992, на заре чеченской независимости, чеченская молодежь выстроившись "коридором" у входа в православный храм плевала в лица идущих на службу людей. В станице Наурской, в сотрудники масхадовской "шариатской госбезопасности" разгромили маленькую церковь, созданную прихожанами в комнате административного здания. Было так же совершено покушение на Виталия Петровича Полищука — церковного старосту 1928 года рождения. Его расстреляли на пороге его же дома, он спасся чудом, но остался инвалидом. После разгрома храма и серии убийств настоятель храма в станице Наурской иеромонах Варсанофий лично организовал переселение жителей в соседний Ставропольский край в селение Орловка, где силами верующих выстроен новый храм.
В начале девяностых в Дагестане любой христианин, перешедший в ислам, получал 1000 долларов - огромные, по тем временам, деньги. В Хасавюртовском районе Дагестана в начале девяностых русских под угрозой выселения, иногда силой принуждали принимать ислам.